Formelt set overføres forbeholdene uændrede i Lissabontraktaten. Ikke mindst på retsområdet sker der dog ændringer, der sætter forbeholdene under et vist pres.
De centrale danske protokoller om henholdsvis ejendomserhvervelse i Danmark (sommerhusprotokollen) samt om Danmarks stilling (de fire forbehold) føres med over i Lissabontraktaten. De fire forbehold omhandler unionsborgerskab, euro, forsvarssamarbejdet og deltagelse i overstatsligt samarbejde om retlige og indre anliggender. Konsekvenserne af Lissabontraktaten gælder hovedsagligt Danmarks retlige forbehold. Dette forbehold vil få langt større rækkevidde end i dag, fordi den del af det retlige område der i dag er mellemstatsligt (søjle III) i Lissabontraktaten bliver overstatsligt (søjle I).Danmarks retlige forbehold knytter sig til den samarbejdsform, der er i EU. I søjle III er samarbejdet mellemstatsligt, dvs. beslutningerne binder alene medlemslandene, og her deltager Danmark fuldt ud. I søjle I er samarbejdet overstatsligt, dvs. EU kan tage beslutninger, der gælder direkte for borgere og virksomheder, og her deltager Danmark ikke. Desuden er det sådan, at beslutninger tages med enstemmighed i Rådet i søjle III og uden medvirken fra andre EU-institutioner, mens beslutninger i søjle I overvejende tages med kvalificeret flertal i Rådet og med medvirken fra andre EU-institutioner.
Det retlige forbehold, som i øjeblikket omfatter asyl, immigration, civilretligt samarbejde og grænsekontrol (søjle I), vil altså fremover også omfatte det politimæssige og strafferetlige samarbejde (søjle III)). Danmark vil derfor ikke kunne deltage i vedtagelsen af nye regler på disse områder.Danmark får dog med Lissabontraktaten mulighed for at ændre sit retlige forbehold til en model, der svarer til den ”opt-in”-model Irland og Storbritannien har på området i dag. Denne model er en tilvalgsordning, hvor Danmark fra sag til sag vil kunne bestemme, om man vil deltage eller ej. Danmark skal blot skriftligt meddele Rådets formand inden tre måneder efter, at et forslag er fremsat, om Danmark ønsker at deltage i vedtagelsen og anvendelsen af et fremsat forslag (”opt-in”). Danmark er herefter forpligtet på et overstatsligt grundlag. Som noget nyt får de øvrige medlemslande dog mulighed for at vurdere, hvorvidt et dansk ønske om ikke at deltage i en bestemt retsakt, gør denne retsakt uanvendelig for andre medlemslande eller hele EU. Er det tilfældet, kan retsakten ophøre med at have virkning for Danmark.
Vælger Danmark at benytte denne ordning, vil det betyde, at der ikke længere vil være behov for at indgå de såkaldte parallelaftaler på mellemstatslig basis. En ændring af det retlige forbehold vil i givet fald kræve afholdelse af en folkeafstemning.Denne mulige model for de danske forbehold blev forhandlet på plads i forbindelse med den regeringskonference, der førte til vedtagelsen af forfatningstraktaten og resultatet videreføres uændret i Lissabontraktaten.