Kort fortalt er forskellen, at det mellemstatslige samarbejde forpligter staterne, som skal omsætte det i national lovgivning i eksempelvis Folketinget, før det får virkning for borgerne. Overstatsligt samarbejde, derimod, har umiddelbar virkning i EU’s medlemslande og kræver ikke lovgivning i Folketinget. På det retlige område deltager Danmark i det mellemstatslige samarbejde, men ikke i det overstatslige.

Inden for EU er der forskellige former for samarbejde mellem medlemslandene. Det, der er med til at gøre EU til noget helt unikt i international politik, er det såkaldt overstatslige samarbejde. Overstatsligt samarbejde betyder, at man i EU kan lave regler, der har direkte virkning i medlemslandene, og dermed påvirker borgerne i medlemslandene umiddelbart. Det betyder med andre ord, at en dansk borger kan påberåbe sig juridiske rettigheder, som ikke er vedtaget i Folketinget men i EU.

EU-samarbejdet vedrørende det indre marked, landbrug og fiskeri m.m. er eksempler på områder med overstatsligt samarbejde. Bestemmelserne herom findes i EF-traktaten.

Derudover er der det såkaldt mellemstatslige samarbejde, som er den traditionelle form for internationalt samarbejde mellem lande. Mellemstatsligt samarbejde betyder grundlæggende, at de regler, der bliver vedtaget, alene forpligter staterne. Det indebærer, at EU-regler der er vedtaget under det mellemstatslige samarbejde skal godkendes og vedtages af Folketinget, før de gælder for borgerne i Danmark. Mellemstatsligt samarbejde betyder også, at alle de deltagende stater skal være enige om at udfærdige nye regler. Med andre ord skal der enstemmighed til for at indføre nye EU-regler på det mellemstatslige område.

Det mellemstatslige EU-samarbejde anvendes på politikområder, hvor det kan være vanskeligt for lande at indgå i et samarbejde, der er så tæt som det overstatslige samarbejde. Derfor anvendes den mellemstatslige samarbejdsform inden for politisamarbejde og retligt samarbejde i kriminalsager samt den fælles udenrigs- og sikkerhedspolitik. Bestemmelserne herom findes i EU-traktaten.