Europa-Parlamentet har konkrete beføjelser på tre områder i EU :
Lovgivning
Med Amsterdamtraktaten og Nicetraktaten har Europa-Parlamentet fået større indflydelse på en større andel af EU-lovgivningen. Det skyldes, at den såkaldte fælles beslutningsprocedure er blevet udvidet til at gælde stadig flere områder. Under denne beslutningsprocedure skal Europa-Parlamentet og Rådet være enige, før der kan vedtages en ny retsakt.
Den fælles beslutningsprocedure bruges for eksempel på miljø-, transport-, beskæftigelses-området og på det industripolitiske område.
Budget
Hvert år skal Europa-Parlamentet vedtage det kommende års EU-budget. Vedtagelsen sker normalt i december måned typisk efter et tovtrækkeri med medlemslandenes finansministre. To gange, i 1979 og 1984, har Europa-Parlamentet forkastet EU-budgettet på grund af uenighed med Ministerrådet om, hvordan udgifterne skulle fordeles.
EU-budgettet for 2009 er på 133,8 mia. euro, svarende til 997 mia. kr. Europa-Parlamentet skal også årligt tage stilling til, om det vil godkende det forrige års regnskab. Det er forholdsvis sjældent, at regnskabet ikke godkendes, men det sker.
Demokratisk kontrol
Europa-Parlamentets hovedopgave er at udøve demokratisk kontrol med de beslutninger, som træffes i EU. Europa-Parlamentets kontrolmulighed er størst over for Europa-Kommissionen. Europa-Parlamentet kan for eksempel vedtage et mistillidsvotum til Europa-Kommissionen, men det kræver et flertal på 2/3 af de afgivne stemmer, og mindst 393 ud af de nuværende i alt 785 parlamentarikere skal stemme for. Europa-Parlamentet har endnu ikke vedtaget et egentligt mistillidsvotum til Kommissionen.
Europa-Parlamentet har også indflydelse på sammensætningen af Kommissionen. I 2004 var Europa-Parlamentet meget kritisk over for den nye Kommission under ledelse af José Manuel Barroso. Barosso valgte at trække sit forslag til en ny Kommission tilbage, før det kom til en afstemning i Europa-Parlamentet. Selvom Europa-Parlamentet altså ikke formelt forkastede den nye Kommission, fik Europa-Parlamentet alligevel stor indflydelse på Kommissionens sammensætning.
Parlamentets kontrolmuligheder er mindre over for Rådet, selvom de seneste traktater har øget antallet af politikområder med fælles beslutningsprocedure. Europa-Parlamentet har på nuværende tidspunkt for eksempel ingen formel indflydelse på den fælles udenrigs- og sikkerhedspolitik (FUSP) og samarbejdet om retspolitik og politi, men bliver dog hørt. Når der er tale om mellemstatsligt samarbejde, ligger den demokratiske kontrol hos de nationale parlamenter.
Optagelse af nye medlemslande
Foruden de tre beskrevne beføjelser har Europa-Parlamentet også et afgørende ord at sige i forbindelse med optagelse af nye medlemslande. Det er EU's medlemslande, der efter høring af Kommissionen, med enstemmighed træffer afgørelse om optagelse af nye medlemslande. Europa-Parlamentet skal dog også godkende optagelse med en såkaldt samstemmende udtalelse. Hvis Europa-Parlamentet ikke kan afgive en samstemmende udtalelse, kan landet ikke optages i EU.